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單細胞測序與空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)分析培訓班/線上課程

會議日期 2022-05-14至 2022-05-15
會議地點 北京豐臺區(qū)
會議學科 科研/教育科研申報
主辦單位 北京華斯泰生物醫(yī)學科技有限公司
學分情況

 單細胞測序是從單個細胞水平對基因組和轉(zhuǎn)錄組進行研究。2015年以來,10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技術(shù)的出現(xiàn),徹底降低了單細胞測序的成本門檻。自此,單細胞測序技術(shù)被廣泛應用于基礎科研和臨床研究。通過單細胞測序可以最大程度的反映細胞的異質(zhì)性,發(fā)現(xiàn)新的細胞群和細胞亞群,并為闡明細胞狀態(tài)轉(zhuǎn)換的調(diào)控機理提供了技術(shù)保障。單細胞技術(shù)以及數(shù)據(jù)分析方法在腫瘤、發(fā)育生物學、免疫學、神經(jīng)科學等領(lǐng)域有重要應用,是現(xiàn)今生命科學研究的焦點。
常規(guī)單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)丟失了細胞在原組織中至關(guān)重要的空間位置信息,而單細胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的同時保留并記錄了細胞的空間位置信息?臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環(huán)境,將成為發(fā)育生物學、神經(jīng)生物學、免疫生物學、腫瘤微環(huán)境等領(lǐng)域的研究利器。

一、時間地點:

2022年5月14日-15日
騰訊會議客戶端線上授課(非錄播)

、授課老師:
來自中科院,長期從事單細胞多組學方面的項目研究,目前已在Nature等雜志發(fā)表文章四十多篇,承擔國家科技部、國家自然基金委和重點研發(fā)計劃等多項課題。
三、會議特色:

本次課程以近期CNS文章為案例主線,逐一詳細剖析,全程電腦實戰(zhàn)教學。理論與實踐相結(jié)合,老師將以最簡單易懂的方式,既介紹單細胞測序的研究方法、分析內(nèi)容和最新前沿進展,又介紹具體的數(shù)據(jù)庫、工具和軟件的使用,并在課堂上進行上機指導。講師經(jīng)驗豐富,教學深入淺出,能讓大家獲得從單細胞組學原始數(shù)據(jù)實現(xiàn)CNS圖形繪制的實戰(zhàn)能力。
、預期目標:
本學習班由多年從事單細胞組學研究的科研人員授課,通過深入淺出的理論講解和實例案例,幫助學員拓展研究思路,提升科研水平,增加職業(yè)競爭力。通過本次課程培訓將使學員系統(tǒng)掌握當前主流的單細胞組學分析流程、方法和軟件,從零基礎實現(xiàn)到CNS圖表的繪制,同時提升研究深度和廣度,拓寬研究思路。
、主要內(nèi)容:

1.熟悉單細胞組學圖表解讀和研究思路。
2.掌握單細胞組學分析標準流程和常用軟件。
3.熟悉單細胞數(shù)據(jù)的分型和marker基因鑒定。
4.掌握單細胞數(shù)據(jù)的軌跡分析及功能富集分析。
5.了解單細胞課題設計方法及研究思路。
6.熟悉并掌握單細胞空間轉(zhuǎn)錄組學實用技能。
六、課程安排:


日期
時間
授課題目
授課內(nèi)容
5月14日
 
9:00-12:00
單細胞測序技術(shù)與應用 1. 單細胞組學技術(shù)的發(fā)展和原理。
2. 單細胞在各個科研領(lǐng)域的應用。
3. 單細胞高分文章分析思路解析(細胞群鑒定、擬時序分析、差異表達、功能富集、轉(zhuǎn)錄因子、細胞通訊等)。
4. 單細胞組學分析常用數(shù)據(jù)庫介紹及使用。
12:00-14:00
 
午間休息
14:00-17:00
單細胞組學數(shù)據(jù)分析實操 1. R語言簡介及安裝,RStudio的安裝及使用說明。
2. R語言語法介紹及常用命令。
3. R語言的數(shù)據(jù)處理功能及統(tǒng)計應用。
4. 10X官方單細胞軟件Cellranger講解及實操。
5. 從基因表達矩陣開始到marker基因篩選全過程講解及實操。
6. 通過Seurat軟件進行PCA及tSNE降維。
7. 單細胞轉(zhuǎn)錄組細胞鑒定及聚類分析。
8. 單細胞轉(zhuǎn)錄組差異分析。
5月15日
9:00-12:00
單細胞轉(zhuǎn)錄組軌跡、通路、轉(zhuǎn)錄因子等分析及繪圖實操 1. 通過Seurat 合并多樣本及消除樣本異質(zhì)性。
2. 通過Monocle軟件進行單細胞轉(zhuǎn)錄組擬時間分析。
3. 通過DAVID及metascape網(wǎng)站進行通路富集分析。
4. 通過GSVA計算細胞通路得分信號等。
5. 通過cellphonedb進行細胞互作分析。
6. 通過infercnv推斷染色體拷貝數(shù)變異。
7. 通過SCENIC軟件進行轉(zhuǎn)錄因子預測分析。
12:00-14:00
午間休息
14:00-17:00
空間轉(zhuǎn)錄組+單細胞測序聯(lián)合分析 1. 空間轉(zhuǎn)錄組基本概念及原理。
2. 單細胞及空間轉(zhuǎn)錄組研究思路及案例分享。
3. 單細胞和空間轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合課題設計。
4. 空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析。
5. 通過Seurat進行空間變量特征的識別。
6. 與單細胞數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析(空間細胞類型定義)。
7. 通過Seurat處理多個切片。
、主辦單位:
北京華斯泰生物醫(yī)學科技有限公司、合肥華斯泰生物醫(yī)學科技有限公司
、收費標準:

會議費3000元/人,此次課程為線上直播教學模式,開課前統(tǒng)一提供配套電子版培訓資料。參加培訓的學員課后可通過微信群繼續(xù)和授課講師交流,長期獲得指導機會。
課程結(jié)束后統(tǒng)一快遞紙質(zhì)版蓋章通知和正式發(fā)票,如提前需要請聯(lián)系會務組。

、繳費方式:

本次會議費委托合肥華斯泰生物醫(yī)學科技有限公司收取并統(tǒng)一提供會務發(fā)票。
1.網(wǎng)上匯款或銀行轉(zhuǎn)賬

戶 名:合肥華斯泰生物醫(yī)學科技有限公司
開戶行:中國銀行合肥臨泉路支行
帳 號:181246448304
2.支付寶賬號
名字:合肥華斯泰生物醫(yī)學科技有限公司
賬號:kf@Huasitai.com
注:匯款時請務必注明“單細胞”和學員姓名,匯款后將回單電子郵件發(fā)給我們,以便我們確認。

、報名方式:
學員請?zhí)?font style="BACKGROUND-COLOR: #ffffff" color="#000000">寫報名表通過電子郵件發(fā)送至:info@huasitai.com,或在線報名),我們收到您的報名信息后將及時與您聯(lián)系確認。

十一、會務咨詢:

聯(lián)系人:章老師
電 話13121195178(微信同號)
E-mailinfo@huasitai.com

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