細菌通過新陳代謝不斷合成菌體成分，如多糖、蛋白質、脂肪、核酸、細胞壁及各種輔酶等。此外，細菌還能合成很多在醫(yī)學上具有重要意義的代謝產物。

1.熱原質（Pyrogen）：熱原質即菌體中的脂多糖，大多是革蘭氏陰性菌產生的。注入人或動物體內能引起發(fā)熱反應，故名熱原質。

熱原質耐高熱，高壓蒸汽滅菌（121℃，20‘）不能使其破壞，加熱（180℃4h；250℃45'；650℃1'）才使熱原質失去作用。熱原質可通過一般細菌濾器，但沒有揮發(fā)性，所以，除去熱原質最好的方法是蒸餾。藥液、水等被細菌污染后，即使高壓滅菌或經(jīng)濾過除菌仍可有熱原質存在，輸注機體后可引起嚴重發(fā)熱反應。生物制品或注射液制成后除去熱原質比較困難，所以，必須使用無熱原質水制備。

2.毒素與酶：細菌可產生內、外毒素及侵襲性酶，與細菌的致病性密切相關。

內毒素（Endotoxin）即革蘭氏陰性菌細胞壁的脂多糖，其毒性成分為類脂A.菌體死亡崩解后釋放出來。外毒素（Exotoxin）是由革蘭氏陽性菌及少數(shù)革蘭氏陰性菌在生長代謝過程中釋放至菌體外的蛋白質。具有抗原性強、毒性強、作用特異性強的突出特點。

某些細菌可產生具有侵襲性的酶，能損傷機體組織，促進細菌的侵襲、擴散，是細菌重要的致病因素，如鏈球菌的透明質酸酶等。

3.色素（Pigment）：有些細菌能產生色素，對細菌的鑒別有一定意義。

細菌色素有兩類：①水溶性色素，能彌形至培養(yǎng)基或周圍組織，如綠膿桿菌產生的綠膿色素使培養(yǎng)基或膿汗呈綠色。②脂溶性色素，不溶于水，僅保持在菌落內使之呈色而培養(yǎng)基顏色不變，如金黃色葡萄球菌色素。細菌色素的產生需一定條件（營養(yǎng)豐富、氧氣充足、溫度適宜），無光合作用，對細菌的功能尚不清。

4.抗生素（Antibiotic）：某些微生物代謝過程中可產生一種能抑制或殺死某些其他微生物或癌細胞的物質，稱抗生素。抗生素多由放線菌和真菌產生，細菌僅產生少數(shù)幾種，如多粘菌素（Polymyxin）、桿菌肽（Bicitracin）等。

5.細菌素（Bactericin）：某些細菌能產生一種僅作用于有近緣關系的細菌的抗菌物質，稱細菌素。細菌素為蛋白類物質，抗菌范圍很窄，無治療意義，但可用于細菌分型和流行病學調查。

細菌素以生產菌而命名。大腸桿菌產生的細菌素稱大腸菌素，綠膿桿菌產生的稱綠膿菌素，霍亂弧菌產生的稱弧菌素。