有機質(zhì)譜儀基本工作原理：以電子轟擊或其他的方式使被測物質(zhì)離子化，形成各種質(zhì)荷比（m/e）的離子，然后利用電磁學(xué)原理使離子按不同的質(zhì)荷比分離并測量各種離子的強度，從而確定被測物質(zhì)的分子量和結(jié)構(gòu)。有機質(zhì)譜儀主要用于有機化合物的結(jié)構(gòu)鑒定，它能提供化合物的分子量、元素組成以及官能團等結(jié)構(gòu)信息。分為四極桿質(zhì)譜儀、離子阱質(zhì)譜儀、飛行時間質(zhì)譜儀和磁質(zhì)譜儀等。

有機質(zhì)譜儀的發(fā)展很重要的方面是與各種聯(lián)用儀（氣相色譜、液相色譜、熱分析等）的使用。它的基本工作原理是：利用一種具有分離技術(shù)的儀器，作為質(zhì)譜儀的“進樣器”，將有機混合物分離成純組分進入質(zhì)譜儀，充分發(fā)揮質(zhì)譜儀的分析特長，為每個組分提供分子量和分子結(jié)構(gòu)信息。

可廣泛用于有機化學(xué)、生物學(xué)、地球化學(xué)、核工業(yè)、材料科學(xué)、環(huán)境科學(xué)、醫(yī)學(xué)衛(wèi)生、食品化學(xué)、石油化工等領(lǐng)域以及空間技術(shù)和公安工作等特種分析方面。