HLA復(fù)合體具備某些有別于其它真核基因系統(tǒng)的特征。

1.單體型遺傳方式 HLA復(fù)合體是一組緊密連鎖的基因群。這些連鎖在一條染色體上的等位基因很少發(fā)生同源染色體間的交換，構(gòu)成一個單體型（haplotype）。在遺傳過程中，HLA單體型作為一個完整的遺傳單位由親代傳給子代。有必要區(qū)分HLA表型、基因型與單體型這三個概念。某一個體HLA抗原特異性型別稱為表型（phenotype）；HLA基因在體細胞兩條染色體上的組合稱為基因型（genotype）；HLA基因在同一條染色體上的組合稱為單體型（haplotype）。

2.多態(tài)性現(xiàn)象 多態(tài)性（polymorphism）是指在一隨機婚配的群體中，染色體同一基因座有兩種以上基因型，即可能編碼二種以上的產(chǎn)物。HLA復(fù)合體是迄今已知人體最復(fù)雜的基因復(fù)合體，有高度的多態(tài)性。HLA的多態(tài)性現(xiàn)象乃由于下列原因所致：①復(fù)等位基因（multiple alleles）：位于一對同源染色體上對應(yīng)位置的一對基因稱為等位基因（allele）；由于群體中的突變，同一座的基因系列稱為復(fù)等位基因。前已述及，HLA復(fù)合體的每一座均存在為數(shù)眾多的復(fù)等位基因，這是HLA高度多態(tài)性的最主要原因。由于各個座位基因是隨機組合的，故人群中的基因型可達108之多。②共顯性（codominance）；一對等位基因同為顯性稱為共顯性。HLA復(fù)合體中每一個等位基因均為共顯性，從而大大增加了人群中HLA表型的多樣性，達到107數(shù)量級。因此，除了同卵雙生外，無關(guān)個體間HLA型別全相同的可能性極小。

HLA的高度多態(tài)性顯示了遺傳背景的多樣性，這可能是高等動物抵御不利環(huán)境因素的一種適應(yīng)性表現(xiàn)，從而維持種屬的生存與延續(xù)具有重要的生物意義，但也對組織移植過程中尋找配型合的供體帶來很大的困難。

3.連鎖不平衡 HLA復(fù)合體各等位基因均有其各自的基因頻率?；蝾l率是指某一特定等位基因與該基因座中全部等位基因總和的比例。隨機婚配的群體中，在無新的突變和自然選擇的情況下，基因頻率可以代代維持不變醫(yī)學|教育網(wǎng)搜集整理，由于HLA復(fù)合體和各基因座是緊密連鎖的，若各座的等位基因隨機組合構(gòu)成單體型，則某一單體型型別的出現(xiàn)頻率應(yīng)等于該單體型各基因比其它基因能更多或更少地連鎖在起，從而出現(xiàn)連鎖不平衡（linkage disepuilibrium）。例如，在北歐白人中HLA-A1和HLA-B8頻率分別為0.17和0.11.若隨機組合，則單體型A1-B8的預(yù)期頻率為0.17×0.11=0.019.但實際所測行的A1-B8單體型頻率是0.088故A1-B8處于連鎖不平衡，實測頻率與預(yù)期頻率間的差值（△0.088-0.19=0.069）為連鎖不平衡參數(shù)。在HLA復(fù)合體中已發(fā)現(xiàn)有50對以上等位基因顯示連鎖不平衡。產(chǎn)生連鎖不平衡的機制尚不清楚。