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高密度脂蛋白在生理上起著將肝外組織的膽固醇運送到肝臟的運載工具的作用因而可以防止游離膽固醇在肝外組織細胞上的沉積。高密度脂蛋白膽固醇對冠心病的臨床診斷是一個重要的參考指標。它的升高是臨床冠心病保護因子之一，并能防治和延緩動脈粥樣硬化的發(fā)展。

血清高密度脂蛋白膽固醇的降低，預示著冠心病的出現。臨床上常同時測定高密度脂蛋白和血清總膽固醇，并根據它們的比值作為冠心病的信息指標。

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