嘉南藥理科技大學目前臺灣設有藥學系的7所大專院校之一，也因為藥學系之便，嘉藥成為少數(shù)臺灣私立科大中，能夠吸引分數(shù)在大學升學考試屬中高程度的普通高中生以及成績在前5%的高職生就讀的學校。

為培養(yǎng)從事醫(yī)藥、衛(wèi)生、保健、永續(xù)環(huán)境等健康科學專業(yè)人才，該校于民國五十三年由創(chuàng)辦人王趁先生結合醫(yī)藥界與教育界先進籌創(chuàng)“私立嘉南藥學專科學校”。民國五十五年奉教育部核準立案。民國八十五年七月因辦學績效卓越，獲準升格改制為“嘉南藥理學院”，民國八十九年八月又因各項條件俱優(yōu)，復獲準改名“嘉南藥理科技大學”。

近年來接受教育部評鑒均有極優(yōu)異之表現(xiàn)，2009－2012年度連續(xù)獲得教育部技職校院獎勵大學教學卓越計劃補助。2011年1月公布之“世界大學網絡排名”，該校名列全球第848名醫(yī)學教育|網搜集整理，全國科技大學排名第6名。而在2010年12月“機構典藏”的世界排名中，該校名列亞洲第76名，其中“學術論文”指標更居全國科技大學之冠。