沈陽藥科大學(xué)制藥工程學(xué)院是沈陽藥科大學(xué)辦學(xué)歷史最長的院（系）之一。其前身為東北藥學(xué)院制藥系，經(jīng)東北行政委員會批準(zhǔn)，于1949年正式成立。

制藥工程學(xué)院現(xiàn)設(shè)有藥物化學(xué)和制藥工程與環(huán)境科學(xué)兩個系，下設(shè)五個專業(yè)教研室、兩個實驗教學(xué)中心。擁有藥學(xué)博士后流動站和藥物化學(xué)、制藥工程兩個二級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點，藥物化學(xué)學(xué)科為遼寧省重點學(xué)科；設(shè)有化學(xué)和化學(xué)工程與技術(shù)兩個一級碩士學(xué)位授權(quán)點。招收藥物化學(xué)、制藥工程專業(yè)博士研究生；招收藥物化學(xué)、制藥工程、生物化工、醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理應(yīng)用化學(xué)、化學(xué)工藝、化學(xué)工程、環(huán)境化工、無機化學(xué)、有機化學(xué)、高分子化學(xué)與物理等10個專業(yè)的學(xué)術(shù)型碩士研究生以及藥物化學(xué)、制藥工程方向藥學(xué)專業(yè)學(xué)位碩士研究生。招收制藥工程、環(huán)境科學(xué)、應(yīng)用化學(xué)、藥物化學(xué)4個專業(yè)本科生，制藥工程專業(yè)被教育部評為國家特色專業(yè)，應(yīng)用化學(xué)專業(yè)為省級特色專業(yè)。