南京中醫(yī)藥大學(xué)檔案館是全國(guó)最早成立的中醫(yī)院校檔案館之一。其前身為學(xué)校綜合檔案室，2006年3月升格為副處級(jí)機(jī)構(gòu)，并更名檔案館，掛靠校長(zhǎng)辦公室。現(xiàn)為江蘇省一級(jí)檔案館，曾先后被評(píng)為省級(jí)機(jī)關(guān)檔案工作先進(jìn)集體、省高校檔案工作先進(jìn)集體，連續(xù)五年被評(píng)為省級(jí)機(jī)關(guān)（單位）檔案工作年檢優(yōu)秀單位。

檔案館是永久保管學(xué)校檔案的基地，也是編纂、醫(yī)學(xué)教|育網(wǎng)搜集整理研發(fā)和利用檔案資源的中心，對(duì)全校檔案工作統(tǒng)籌規(guī)劃、宏觀指導(dǎo)并業(yè)務(wù)管轄。校長(zhǎng)親自兼任檔案工作委員會(huì)主任，并將委員會(huì)辦公室設(shè)在檔案館；三級(jí)工作網(wǎng)絡(luò)覆蓋到全校各部門、院系。大力宣傳檔案工作，增強(qiáng)全校師生員工的法制意識(shí)，建立了完備的規(guī)章制度。做到檔案經(jīng)費(fèi)獨(dú)立預(yù)算、�？顚Ｓ谩Ｓ�10名專職人員（其中2名為副研究館員）、47名兼職人員組成的檔案工作隊(duì)伍，定期開展業(yè)務(wù)培訓(xùn)和自查互評(píng)，形成了高素質(zhì)的團(tuán)隊(duì)。