香港大學(xué)深圳醫(yī)院產(chǎn)權(quán)歸深圳市政府所有，由深港雙方共同組建的醫(yī)院決策和管理團(tuán)隊(duì)進(jìn)行管理。雙方在醫(yī)院管理體制、財(cái)政投入機(jī)制、人事分配制度、保障公益性、企業(yè)化運(yùn)行、成本管理、服務(wù)模式以及提高服務(wù)質(zhì)量和工作效率等領(lǐng)域大膽改革，推動“政事分開、管辦分開、醫(yī)藥分開、營利與非營利分開”。

根據(jù)深港雙方合作協(xié)議，香港大學(xué)深圳醫(yī)院將堅(jiān)持公立醫(yī)院屬性，納入我市公立醫(yī)院服務(wù)體系，優(yōu)先滿足深圳市民的基本醫(yī)療衛(wèi)生需求，保障醫(yī)療衛(wèi)生服務(wù)的公益性。

2013年1月4日，深圳市衛(wèi)人委在其官網(wǎng)上發(fā)布信息，批復(fù)了香港大學(xué)深圳醫(yī)院成為香港大學(xué)附屬醫(yī)院的申請，同時也同意其增設(shè)小兒外科、腫瘤科、麻醉科及開展健康體檢服務(wù)。

到2015年醫(yī)院全面投入使用后醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)|搜集整理，能容納2000張病床，滿足日均8000人次的診療需求。醫(yī)院將實(shí)行臨床診療中心為主導(dǎo)的現(xiàn)代醫(yī)院服務(wù)模式，普通門診與專科門診分離，實(shí)施國際專業(yè)水平認(rèn)證。