根據(jù)職責(zé)，市衛(wèi)生局設(shè)6個職能科（室）。

　　（一）辦公室（掛“計劃財務(wù)科”牌子）

　　協(xié)助局領(lǐng)導(dǎo)組織綜合調(diào)研，協(xié)調(diào)、督促各科室的業(yè)務(wù)工作，制定并組織貫徹執(zhí)行局機關(guān)各項工作制度，負責(zé)全市衛(wèi)生事業(yè)有關(guān)重要文件的起草，醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理綜合提出貫徹全省衛(wèi)生工作方針和我市衛(wèi)生政策，組織開展衛(wèi)生改革與發(fā)展宣傳工作，負責(zé)會議組織、文電處理、機要保密、行政事務(wù)、新聞和宣傳、檔案管理、信訪、資產(chǎn)房產(chǎn)和安全保衛(wèi)等后勤工作，負責(zé)漳州衛(wèi)生信息的編印和組織協(xié)調(diào)衛(wèi)生新聞報道。承辦本局計劃財務(wù)科日常工作任務(wù)。

　　（二）人事科

　　負責(zé)局機關(guān)及直屬衛(wèi)生單位的機構(gòu)編制、人事勞動、干部培訓(xùn)、人才交流、離退休服務(wù)等管理工作，負責(zé)全市衛(wèi)生專業(yè)技術(shù)人員中初級職稱的考試、資格認定及高級職稱的評審與推薦工作，負責(zé)直屬科級衛(wèi)生單位的領(lǐng)導(dǎo)班子和后備干部隊伍建設(shè)，承辦援外醫(yī)療和對外勞務(wù)合作，做好直屬衛(wèi)生單位因公出國人員的管理工作；研究擬定醫(yī)學(xué)教育發(fā)展規(guī)劃，指導(dǎo)中專醫(yī)學(xué)教育及負責(zé)全市成人醫(yī)學(xué)教育管理工作。

　　（三）醫(yī)政科（掛“中醫(yī)科”牌子）

　　研究指導(dǎo)全市醫(yī)療機構(gòu)改革，擬定全市醫(yī)療機構(gòu)發(fā)展規(guī)劃，組織實施監(jiān)督管理醫(yī)療機構(gòu)管理法規(guī)、政策、標準、規(guī)范及醫(yī)務(wù)人員執(zhí)業(yè)標準細則、服務(wù)規(guī)范；監(jiān)督醫(yī)療機構(gòu)的醫(yī)療質(zhì)量和服務(wù)質(zhì)量，依法監(jiān)督管理血站的采供血及臨床用血質(zhì)量；受理醫(yī)療事故的鑒定申請和處理；協(xié)助各級人民政府和有關(guān)部門對重大人員傷亡事故組織緊急救護；研究擬定本市重點醫(yī)學(xué)科技發(fā)展規(guī)劃；推進中醫(yī)藥的繼承與創(chuàng)新；醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理協(xié)調(diào)和指導(dǎo)中醫(yī)藥科研攻關(guān)和科技成果的普及應(yīng)用；規(guī)劃指導(dǎo)中醫(yī)藥人才的培養(yǎng)。

　　（四）疾病控制科

　　擬定本市傳染病、地方病、慢性非傳染疾病及與公共衛(wèi)生相關(guān)疾病的防治規(guī)劃和措施，并監(jiān)督實施；組織對重大傳染病、地方病的綜合防治；組織調(diào)度全市的衛(wèi)生技術(shù)力量，對重大突發(fā)疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、疾病的發(fā)生和蔓延。

　　（五）基層衛(wèi)生與婦幼保健科

　　研究擬定全市農(nóng)村衛(wèi)生、社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)的發(fā)展規(guī)劃和服務(wù)標準，并實施監(jiān)督管理；制訂婦幼衛(wèi)生和提高出生人口素質(zhì)工作的發(fā)展規(guī)劃、政策措施和技術(shù)標準，指導(dǎo)并監(jiān)督我市初級衛(wèi)生保健條例和母嬰保健專項技術(shù)的實施；會同有關(guān)部門制訂計劃生育衛(wèi)生標準；負責(zé)婦幼保健技術(shù)服務(wù)質(zhì)量監(jiān)督和管理；研究城市基層衛(wèi)生服務(wù)體系的改革，統(tǒng)籌協(xié)調(diào)健康教育工作。

　　（六）衛(wèi)生法制與監(jiān)督科

　　負責(zé)衛(wèi)生行政復(fù)議和衛(wèi)生執(zhí)法的監(jiān)督。依法對全市公共衛(wèi)生、勞動衛(wèi)生、食品衛(wèi)生、學(xué)校衛(wèi)生、放射衛(wèi)生及化學(xué)保健品、預(yù)防用生物制品、消毒器械等行使監(jiān)督權(quán)，負責(zé)管理協(xié)調(diào)全市衛(wèi)生監(jiān)督執(zhí)法隊伍開展執(zhí)法工作。依照技術(shù)監(jiān)督的法律、法規(guī)制訂全市醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)計量監(jiān)督管理辦法，醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理配合市技術(shù)監(jiān)督局對全市醫(yī)療機構(gòu)的計量達標和計量認證的審核等工作。

　　機關(guān)黨委。負責(zé)機關(guān)及下屬單位的黨群工作。

　　根據(jù)有關(guān)規(guī)定派駐的紀檢組與監(jiān)察室合署辦公，按照《黨章》和《行政監(jiān)察法》履行職責(zé)。