抗體分子在結(jié)合抗原時(shí)，其Fab片段的V區(qū)與抗原決定簇的立體結(jié)構(gòu)（構(gòu)象）必須吻合，特別與高變區(qū)的氨基酸殘基直接有關(guān)，所以抗原－抗體的結(jié)合具有高度特異性。

盡管某些氨基酸殘基在肽鏈的氨基酸順序上相距很遠(yuǎn)，但由于肽鏈沿功能區(qū)長軸平行方向往返折疊，使他們能緊緊接近，形成一雙層排布的凹形或袋狀包圍抗原的活性部位，雙層間存在許多硫水氨基酸側(cè)鏈醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理。抗體分子與抗原的相互作用靠各種非共價(jià)力，如氫鍵、靜電引力和VanderWaal力等，是一種可逆性反應(yīng)。抗體與抗原結(jié)合后才能激活效應(yīng)功能，天然Ig分子不能起這種作用。但在無抗原存在時(shí)，某些物理處理（例如加熱、凝聚等）也可模擬Ig分子構(gòu)象的變化而起激活效應(yīng)機(jī)制的作用。